Sora et ses compagnons parviennent enfin au QG de l’Organisation XIII afin de sauver Kaïri. Mais celle-ci s’est déjà échappée de sa cellule avec l’aide de Riku, physiquement méconnaissable. Ils se retrouvent alors pour combattre tous ensemble Xigbar. De leur côté, Mickey et Ansem le Sage tâchent d’enrayer la progression de Kingdom Hearts...